Fort d’un écosystème solide et ultra proactif, d’un modèle fondé sur la recherche fondamentale et l’innovation technologique, en combinant université, tissu industriel et réseau d’entreprises extrêmement prometteuses, Lyon se positionne comme un pôle de santé mondiale incontournable.
On les appelle les virus “bactériophages”, les mangeurs de bactéries. Ils sont capables de détruire spécifiquement les bactéries tout en étant inoffensifs pour les cellules humaines. Ils ont toutes les formes possibles et imaginables mais le plus classique ressemble au LEM des missions Apollo qui s’est posé sur la Lune avec des pattes lui permettant de s’accrocher aux bactéries pour tenter d’injecter son matériel génétique dans la bactérie. On les trouve partout dans l’eau, dans la nature. À Lyon les premiers phages ayant montré leur intérêt clinique contre les staphylocoques dorés ont été isolés dans l’eau… du parc de la Tête-d’Or. “La diffusion rapide et inexorable des résistances aux antibiotiques constitue l’un des défis sanitaires de la prochaine décennie, explique le professeur Frédéric Laurent, bactériologiste à l’Institut des agents infectieux des Hospices civils de Lyon et chercheur Inserm au Centre international de recherche en infectiologie. Dans ce contexte, la recherche d’alternatives thérapeutiques est un enjeu majeur de santé publique et une priorité.” Il y a onze ans, quasiment mois pour mois, l’OMS s’alarmait déjà : “Le monde s’achemine vers une ère postantibiotiques où des infections courantes et des blessures mineures qui ont été soignées depuis des décennies pourraient à nouveau tuer.” À l’horizon 2050, l’antibiorésistance sera la première cause de mortalité au monde avec un décès toutes les trois secondes. Pour l’heure, comme les phages sont des organismes vivants, leur utilisation est très encadrée en France mais ils représentent un espoir contre les infections résistantes. Lyon, au travers du programme des Hospices civils de Lyon PHAGEinLYON et des projets PHAG-ONE et THERAPhage, financés par l’État et portés par le professeur Laurent, est aujourd’hui leader en Europe. Et les travaux en cours pourraient déboucher sur la création d’un établissement français des phages thérapeutiques qui, à l’image de l’Établissement français du sang, pourrait fournir l’ensemble de la communauté médicale française (voire européenne) en phages thérapeutiques, offrant ainsi de nouvelles perspectives pour les patients en échec de traitement avec les antibiotiques qui seront de plus en plus nombreux.
Science frictions
Les HCL ont également franchi un autre pas vers cette médecine du futur, début février, en inaugurant une plateforme de bioproduction de thérapies géniques et cellulaires au cœur de l’hôpital Édouard-Herriot. Pas de science-fiction, mais une technologie éprouvée depuis plusieurs années à Lyon qui s’appuie sur la banque de tissus et de cellules (à destination des grands brûlés). Une structure rare en France, à laquelle a été incrémentée l’activité de fabrication de nouvelles “cellules médicaments” qui nécessite un environnement technologique pointu et obéit à des procédés et réglementations extrêmement exigeants. L’idée : prélever des cellules immunitaires sur le patient, les cultiver en laboratoire (thérapie cellulaire) afin qu’elles jouent pleinement leur rôle ou bien qu’elles remplacent des cellules endommagées ou les modifier génétiquement en laboratoire (thérapie génique) afin d’améliorer leurs fonctions biologiques. Lymphomes et cancers incurables, maladies inflammatoires auto-immunes ou infectieuses, rejets de greffes ou déficiences génétiques… “Demain, la thérapie génique pourrait permettre de proposer des thérapies curatives pour un large champ de maladies, dont celles qui touchent le système immunitaire”, explique le professeur Sébastien Viel, responsable du développement de l’activité d’immunologie de la plateforme Artemis (applications et recherche en tissus, cellules et médicaments innovants). En prenant pour cible un type précis de cellules, les biothérapies permettent d’ultra-personnaliser les traitements en fonction du patient. Et constituent, en cela, une véritable révolution. Aujourd’hui, un médicament sur deux en développement est un biomédicament. La France dépend à plus de 90 % d’importations dans ce secteur. Les thérapies géniques représentent donc une opportunité médicale pour mieux soigner les patients mais aussi un défi économique et d’avenir majeur pour notre système de soins.
Écosystème
“Il ne faut pas perdre de vue que les HCL sont à la fois un centre hospitalier et universitaire. La tradition en matière de recherche est donc leur mission et leur ADN”, précise Raymond Le Moign, directeur général des HCL. En 2024, 149 millions d’euros ont été consacrés à la recherche (près de 7 % du budget), ayant abouti à 1 305 essais cliniques, près de 6 500 publications scientifiques internationales et 10 nouveaux brevets. Greffes, médicaments, dispositifs médicaux (…), 675 projets de recherche sont actuellement en cours.
La tradition de recherche médicale est ancienne à Lyon. Les stratèges ont coutume de dire que c’est la rencontre du Rhône et de la Saône, sources de nombreux épisodes épidémiques dus, notamment, aux inondations, qui a exigé d’être bon en infectiologie. Entre le premier hôpital français, “Notre-Dame de Lyon”, fondé par le roi mérovingien Childebert en l’an 542, sur la rive droite de la Saône, à l’IHU Everest, centre d’excellence de rang international dédié à la recherche et au transfert de technologie des maladies du foie (2 millions de morts par an dans le monde, dont 17 000 en France) – doté d’un équipement unique en Europe permettant d’explorer l’activité métabolique à l’échelle de la cellule –, en passant par la première double greffe des mains réalisée par le professeur Jean-Michel Dubernard en 1998, Lyon s’est imposé comme un pôle clé de santé mondiale. “C’est une histoire et des hommes”, résume le virologue Bruno Lina, l’un des 100 chercheurs les plus cités en microbiologie. Récemment élu à la tête de l’université Lyon 1, pôle majeur de la recherche universitaire française, il a également pris les rênes du tout nouveau et premier Cluster ID (pour “infectious diseases”) européen, nouvelle brique dans l’écosystème médical lyonnais doté de 120 millions d’euros, et qui sera pleinement opérationnel début mai. Ambitions ? Identifier les signaux faibles et les profils des futures pandémies des maladies infectieuses et mettre des vaccins sur le marché, après la débandade du Covid. “On a des industriels de haut niveau, comme Sanofi, bioMérieux, Boehringer Ingelheim, des structures académiques, comme l’Académie de l’OMS, le Centre international de lutte contre le cancer (Circ), le Centre international de recherche en infectiologie (Ciri), le laboratoire P4 et un réseau de start-up hyper intéressantes, dont potentiellement les futurs poids lourds de ce que pourrait être l’innovation santé, à l’image d’Osivax ou de Fabentech.”
Poids lourds
La biotech Osivax a récemment clôturé une levée de fonds de 10 millions d’euros afin de développer des vaccins à large spectre pour lutter contre les virus infectieux à forte mutation. Depuis sa création en 2007, la société biopharmaceutique (environ 50 salariés) a levé au total 35 millions d’euros en fonds propres et plus de 45 millions d’euros en subventions et aides. Son candidat vaccin antigrippal est actuellement en essai clinique 2. “L’étude, souligne l’entreprise, représente une étape importante dans l’avancement de la science de la prévention de la grippe au-delà des approches conventionnelles.” Quant à Fabentech, spin-off lyonnaise de Sanofi spécialisée dans le développement de traitements d’urgence contre les maladies infectieuses émergentes mortelles et le bioterrorisme, elle est devenue le bras armé de Bruxelles, ayant été, à l’automne dernier, la toute première entreprise à se voir attribuer un prêt de 20 millions d’euros par Hera, une nouvelle direction générale de la Commission européenne destinée à préparer l’Europe à faire face aux urgences sanitaires de type NRBC (nucléaire, radiologique, biologique et chimique). Trois traitements de biodéfense sont en cours de développement, dont une autorisation de mise sur le marché (AMM) est attendue en 2025 pour l’un d’eux, trois autres ciblent le virus Nipah (qui circule à bas bruit en Inde et en Malaisie – 60 % létal – et pour lequel il n’existe ni vaccin ni traitement), pour lequel Fabentech vise une AMM courant 2027, le virus H5N1 (étude clinique de phase 1) et les Sarbecovirus (dont le potentiel épidémique est d’autant plus fort qu’ils se transmettent par les airs). “Les innovations se créent dans cet environnement parce qu’à un moment donné, aussi, il y a des personnalités motrices”, poursuit Bruno Lina.
Modèle collaboratif
L’épicentre de cet écosystème régional a vu le jour il y a dix ans, sous l’impulsion politique du Grand Lyon, époque Gérard Collomb. Le Biodistrict Lyon-Gerland, d’une centaine d’hectares (1/7e du territoire), est un haut lieu de la recherche, du développement et de la production en biotechnologies et santé, avec plus de 5 000 employés et 2 750 chercheurs, des labos, des entreprises, des universités, des établissements de recherche, mais aussi des structures d’accompagnement, comme Bioaster, une fondation de coopération scientifique à but non lucratif spécialisée dans l’étude de la microbiologie et des maladies infectieuses, dont le rôle est de réaliser des diagnostics et d’aider les acteurs industriels de la santé à accélérer leurs processus de développement. Une concentration d’acteurs privés et publics qui favorise les échanges et permet l’innovation. Lyon a aussi su jouer la carte de la recherche fondamentale, clinique et industrielle, triptyque gagnant pour les innovations. Lyon est ainsi devenu une référence en cancérologie, en neurologie, en immunologie, en hépatologie, notamment, et est en passe de le devenir dans le domaine de la nutrition. “La marque de fabrique de Lyon, juge Raymond Le Moign, c’est sa capacité à jongler entre les grandes entreprises, l’université et les HCL.” Au cœur de ce territoire signature d’excellence, le pôle de compétitivité mondial Lyonbiopôle joue le rôle de catalyseur de cet écosystème d’innovations “en mobilisant et soutenant les forces vives de son écosystème pour renforcer la robustesse de leurs projets d’innovation et entrepreneuriaux”, explique son directeur général. Depuis sa création en 2005, Lyonbiopôle a financé plus de 471 projets de R&D à hauteur de plus de 1,7 milliard d’euros (dont 789 millions d’aides publiques).
One health
Avec cette idée, devenue un vrai modèle à la lyonnaise, de décloisonnement. “Il ne faut surtout pas cloisonner la recherche fondamentale et la recherche clinique, la recherche et les soins. Quand on cloisonne, on a toujours tort”, assure Raymond Le Moign, directeur général des HCL et ex-directeur de cabinet de plusieurs ministres de la Santé. C’est l’ambition de SHAPE-Med@Lyon. “L’objectif est de replacer l’individu comme cible et acteur de son environnement, de rapprocher les études infra-individus (génétique) et supra-individus (écosystème) et de faire converger la médecine 5P (personnalisée, prédictive, préventive, participative, et basée sur les preuves) avec l’approche ‘Une seule santé’”, explique Isabelle Weiss, cheffe de projet. La structure lauréate du programme ExcellencES France 2030, au financement de 28,1 millions d’euros sur dix ans, a déjà permis de soutenir une quarantaine de projets (expérimentation animale, médecine plus personnalisée, perception de ces technologies par les patients, liens entre santé et conditions socio-environnementales, bienfaits de la nature sur la santé, effets du changement climatique sur la nutrition et la santé...).
Et Bruno Lina de conclure : “Lyon est en passe de devenir une capitale de la médecine de demain, avec des dimensions et des avancées technologiques très fortes.” Dans un remarquable discours en hommage au chirurgien lyonnais Jean-Michel Dubernard, à l’Académie nationale de chirurgie, Emmanuel Fournier, responsable du département neurophysiologie à l’hôpital de la Salpêtrière et philosophe, a disserté sur la notion de transgression : “Innover, c’est transgresser. Mais innover, c’est avant tout reconnaître l’insuffisance des solutions existantes et ne pas s’en satisfaire. C’est inventer, essayer, porter au jour des possibilités nouvelles et en transgresser les pratiques et les institutions. L’innovation procède d’un refus ou d’une révolte de l’existant, c’est-à-dire d’une hypersensibilité à ce qui ne va pas.” À Lyon, c’est devenu un modèle.
