(Photo by JEAN-PHILIPPE KSIAZEK / AFP)

Covid-19 à Lyon : une étude pour mesurer la contagiosité et la dangerosité du virus

Une équipe de chercheurs lyonnais et parisiens a étudié le comportement d'une défense antivirale dans le cas du Covid-19. Grâce à cette découverte, ils ont mis au point un moyen de savoir si une personne contaminée doit s'isoler, et ses risques de développer une forme grave.

Les Hospices Civils de Lyon, en collaboration avec plusieurs centres de recherches nationaux de la région, ont publié le 6 août une étude qui permet d'en apprendre plus sur le Covid-19 ainsi que sur d'autres formes de virus. Co-signée par une vingtaine de scientifiques, elle s'intéresse à une défense antivirale, sécrétée par les cellules lors de la contamination pour empêcher les cellules non-infectées de la devenir. Il s'agit de l'IFN-I, ou interféron de type 1, un ensemble de protéines produites par le système immunitaire.

En observant le taux d'IFN-I chez un patient atteint du Covid-19, les chercheurs ont découvert qu'il correspond au niveau d'infection du patient. Mieux que les tests RT-PCR commercialisés actuellement pour rechercher l'ADN du virus, cette méthode permet de savoir si celui-ci est toujours vivant dans l'organisme. "Ce que quantifie un test PCR, ce sont les acides nucléiques viraux", explique Thierry Walzer, chercheur au Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI) à Lyon et co-signataire de l'étude. "Cela peut être positif, même quand le virus est inactif". Un test pour mesurer la réponse antivirale IFN-I permettrait donc à la fois d'évaluer la charge virale et la contagiosité du patient. Cet indicateur apprécierait donc la nécessité pour un malade du Covid-19 d'être isolé chez lui pendant dix jours.

De plus, les recherches effectuées par l'équipe ont permis de repérer un autre marqueur. À l'inverse, si une personne positive au Covid-19 a un taux très élevé d'acides nucléiques viraux et une réplication très importante du virus, avec une charge IFN-I très faible, cela indique qu'elle est plus à même d'avoir une forme grave de la maladie. Chez les patients observés lors de l'étude, la corrélation entre quantité faible voire absence de réponse interféron et admissions en réanimations a été faite. Diagnostiquées plus tôt, les personnes plus à risques pourraient bénéficier de thérapies en amont.

La méthode pourrait s'appliquer à d'autres formes de virus

"L'une des possibilités, c'est que la mesure de cette réponse de l'hôte soit un marqueur diagnostique non seulement dans la Covid mais aussi dans d'autres infections virales", explique le Dr. Thierry Walzer. Le travail réalisé par l'équipe scientifique dans l'urgence de la pandémie pourrait être une avancée importante dans un domaine plus large. La défense antivirale IFN-I est  commune à plusieurs maladies virales dont les soins en cas de réussite seraient améliorés.

"Savoir discriminer entre une infection virale ou bactérienne peut être très important en terme de traitement à utiliser", indique par exemple le scientifique, spécialiste en immunologie. Lorsqu'il est complexe de définir l'origine d'une pathologie, l'observation de la réponse interféron serait une source d'information non négligeable. "Si on arrive à utiliser et à adapter le produit pour d'autres infections, cela poussera peut-être à aller plus loin dans la commercialisation", poursuit le Dr. Thierry Walzer. Les gènes de l'IFN-I pourraient donc être recherchés lors de tests PCR pour différentes maladies.

Un test combiné qui pourrait être utilisé dans tous les laboratoires

Les HCL ont travaillé main dans la main avec des chercheurs de l'institut Imagine parisien, avec une technologie mise en place par BioMérieux. Le FilmArray développé par l'entreprise lyonnaise délivre en une heure des résultats plus précis que ceux des laboratoires utilisés dans le dépistage du Covid-19. "C'est un PCR niché, qui a l'avantage d'être d'une très grande sensibilité. Cela demande un appareillage scientifique précis", explique le Dr. Thierry Walzer. Maintenant que l'enquête a été publiée, c'est à l'entreprise qu'appartient de commercialiser ou non la méthode.

"La puce qu'on a utilisé est un test combiné qui permet de quantifier à la fois la charge virale et cette charge interféron", précise le chercheur. Cela signifie qu'un seul prélèvement est nécessaire pour mesurer les deux taux, sous la forme de l'écouvillon nasal préconisé ces derniers mois. Toutefois il précise qu'à ce point l'analyse est trop sensible pour être faite en pharmacie sous la forme d'un test antigénique : "On mesure des choses qui demandent une grande sensibilité, et la qualité des prélèvements antigéniques n'est pas très bonne. Le nez n'est pas un environnement stérile, il y a énormément de produits bactériens qui vont aboutir à une détérioration des composants de l'échantillon".

L'étude a été réalisée sur 44 professionnels de santé employés aux Hospices Civils de Lyon, contaminés par le Covid-19 avec des formes légères, et 26 patients admis en réanimation avec des formes sévères.

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